1997년 들어 동아시아 외환위기 크리로 휘청거려 이듬해 수하르토 독재정권이 인도네시아 민중의 힘에 못 이겨 퇴진하고 인도네시아가 민주화되면서 과거처럼 억지로 탄압할 수 없는 분위기가 조성됐고 독립 열망이 고조되었다. 대통령직을 승계한 하비비 대통령이 타개책을 제시해 UN 감독하 주민투표를 거쳐 1999년에 독립 찬성파가 압도적으로 우위를 점했다. 하지만 동티모르 주민 중 인도네시아 잔류파와 인도네시아인 거류민들이 조직한 '친 인도네시아 민병대'가 독립저지 테러를 벌여 인도네시아군의 묵인 하에 주민들을 학살하거나 학교, 병원 등 공공시설을 무차별 파괴하는 등 또다시 유혈사태가 벌어졌다. 곤경에 처한 인도네시아 정부는 UN다국적평화유지군 파견을 요청하기에 이르렀다. 이 과정에서 김대중 당시 대한민국 대통령의 적극적인 도움과 노력이 있었다. 많은 사람들이 잘 모르는데 김대중 대통령의 21세기 첫 노벨평화상 수상은 남북평화 노력 뿐 아니라 아시아의 민주화에 대한 도움과 동티모르에서의 학살을 막은 평화협상을 주도한 제 대한 공로가 인정된 것이다. 인도네시아가 동티모르에서 철수를 진행하며 가는 곳마다 학살을 진행하며 빠져나올 계획이라는 정보를 입수한 김대중 대통령이 APEC 정상회담 자리에서 클린턴 미국 대통령과 여타 정상들이 모인 자리에서 아시아의 문제를 다루는 회의이니 이런 심각한 민간학살의 위험을 막는 것도 의제가 될 수 있다고 주장해 긴급안건으로 상정하여 동티모르에서의 학살을 막고 인도네시아의 민주주의와 개발도움을 약속함으로서 인도네시아와 동티모르 양쪽이 윈윈하는 결과가 도출되었고, 이에 따라 양국이 클린턴 미국 대통령에게 감사를 표하자 클린턴 대통령은 "김대중 대통령께서 주도하신 일이니 그쪽에 감사를 표하라"는 말을 했다.