한창 인기가 올라가고 있던 2005년에 성폭행 관련 사건에 휘말렸다. 이수근과 남성 매니저에게 성폭행을 당했다고 주장하는 한 여성이 이수근을 고소한 것인데, 이 때문에 방송 출연이 잠시 정지되었다. 이수근 측에서 공개한 사건처분결과서에 따르면 이수근의 혐의는 두 개로 성폭력특별법상 특수강간(2인 이상 합동하여 강간)과 폭력행위처벌법상 야간·공동상해였다 나중에 둘 다 불기소처분을 받았으며 특수강간은 무혐의, 공동상해는 기소유예다. ???